re: '현재완료 since 과거완료'의 구조에 대해 궁금합니다.

현재 완료시제에 대한 글을 쓰는 중입니다.  이론을 많이 다듬어야 되는데 거칠더라도 이해해 주시기 바랍니다.
혹시 왜 하필이면 완료시제에 'have'를 쓴건가 생각해 본적이 없으신가요?
완료시제의 have는 영영사전에 보면 '조동사'로 분류되어 있습니다. 하지만 have는 일반 동사로도 쓰이죠.
자세한 설명은 생략하고

'X have Y' 는  X가 Y를 가지고 있는 '상태'를 나타냅니다.

이것을 완료시제에 적용시키면  'I have seen her'  =>  나는 그녀를 본 (상태이다). 가 됩니다.  시중에서 경험 완료 계속 등으로 분류하고 있는데,
이 '상태'를 적용하면 분류하지 않고도 손쉽게 풀립니다.  'I have finished my homework.'  => 나는 숙제를 끝낸 (상태이다),
질문하신 Past perfect (과거 완료)는 have가 had로 바뀌었으므로,  과거의 가지고 있는 '상태'를 나타냅니다.

결론부터 이야기하자면 had begun보다는 began이 자연스러워 보입니다.

과거 완료는 '과거의 일'을 서술하는 가운데 쓰여야 합니다.    ex)  He had risen early that morning.      그날 아침 그는 일찍 일어난 (상태였다),

주절에서는 '진화를 겪은 현재 상태'를 서술하고 있습니다.         

나는 현재 저녁을 먹은 상태이다.  /  어제  부모님이 치킨을 사오셨던 상태였을때.    => 자연스럽습니까?  이 문장의 시제가 질문자의 문장과 같습니다.
 
began이 되는 이유는 단순 과거 시제이기 때문에 현재와는 단절된 느낌을 주기 때문입니다.
(현재)  나는 지금 졸리다. /  어제 늦게 자서 (과거)

끝으로 간단한 문장만 인터넷에 쳐보면 문장이 알맞은지 알 수 있습니다. 검색 결과로 나온 문장 하나를 소개합니다.

the climate record is written in the remains of the things that have lived on earth since life began.

고사리 화석으로 당시 기후를 예측하는 건지 뭔지 비슷한 거겠죠.